박 소장은 2005년 서울중앙지검 3차장 때 법조 브로커 윤상림 사건, 황우석 교수의 줄기세포 사건 수사를 지휘하며 특수검사로서 역량을 발휘했다. 2007년 삼성 비자금 사건 때는 특별수사·감찰본부장을 맡아 벼랑 끝에 선 검찰을 구했다. 대검 공안부장이던 2008년엔 촛불시위, 광우병 파동 관련 수사를 지휘하며 보수적인 태도를 견지해 논란을 불렀다. 온화한 성격이지만, 수사할 때는 ‘칼잡이 본능’이 돋보이는 스타일로 알려져 있다. 인사청문회에서는 공안검사, 김앤장 근무 전력 등이 논란이 됐다. 김앤장 근무 경력에 대해 그는 “솔직히 조금 후회스럽다”고 머리를 숙였다.
2009년 고검장 승진에서 탈락하고 서울동부지검장으로 발령을 받자 사직을 결심했으나 박영수 전 대검 중수부장 등이 적극 만류하는 바람에 마음을 돌렸다고 한다. 그를 아끼는 검찰 선후배들은 당시 “촛불집회 대응에 대한 책임을 물은 것이냐”며 인사권자에게 불만을 토로했다. 박 소장과 가까운 전직 검찰 간부는 “고검장 승진에 실패했던 그가 헌재 소장이 되는 걸 보니 새삼 새옹지마(塞翁之馬)고사가 떠오른다. ‘이렇게 떠나면 지는 거다’라며 그의 사직을 만류했던 일이 생각난다”고 했다. 또한 “헌재 재판관 6명 중 3명이 박 소장의 연수원 선배여서 쉬운 자리는 아니겠지만, 잘 이끌 것으로 본다. 박 소장은 강단과 자존심이 대단한 사람이다”라고 말했다.