노무현 정부 출범 초기 대통령직인수위원회에 파견됐으며, 이후 서울중앙지검 2차장과 대검 기조부장 등 요직을 거쳤다.
2004년 사시 3기 선배가 맡고 있던 대검 기조부장으로 발탁될 당시 법무부가 “참신한 후배 기수를 발탁함으로써 조직의 경직성을 완화했다”고 설명할 정도로 노 정부 시절 검찰 개혁의 상징으로 인식되었다.
2004년 대검 기획조정부장 시절에는 검찰과 경찰의 수사권 조정 논의 과정에서 검찰 내부 여론을 수렴하며 대표 역할을 담당했으며, 국가수사개혁단장과 사법개혁위원을 지냈다. 기관 간 이해관계가 첨예한 사안들을 무난하게 처리해 송광수 당시 검찰총장에게서 “지역과 학연에 얽매이지 않고 기용하고 싶은 인사”라는 평을 듣기도 했다.
이명박 정부 출범 후 첫 검찰 인사 때 차관으로 기용되자 김경한 법무부 장관(대구-경북)과의 지역 안배 차원에서 이뤄진 인사라는 평을 받았다.
아이디어가 풍부하고 추진력이 뛰어나 ‘에너자이저 검사장’으로 통한다. 문 차관은 검찰국장 재직 때 검사들의 글로벌 마인드를 키우기 위해 해외 10여 개국에 최초로 검사를 파견한 것을 가장 큰 성과로 꼽고 있다.
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