당시 그는 “김 변호사와는 그저 선후배 사이일 뿐 점심식사 한 번 같이 한 적이 없다”면서 김 변호사와 사제단 측의 주장을 반박했다.
김 변호사 측의 폭로로 고검장 승진 인사 때 불이익을 받을 가능성이 거론됐으나 우여곡절 끝에 고검장 승진 대열에 합류했다.
1999년 서울지검 특수3부장으로 근무하면서 조폐공사 파업 유도 사건의 수사를 지휘했다.
김대중 정부 시절인 2000~2001년 대통령민정수석 사정비서관을 맡을 당시 이용호·진승현 게이트를 비롯한 각종 게이트 사건이 끊이지 않았다.
대검 공안부장 재직 때는 선거사범을 죄질에 따라 30등급으로 나누는 구형 기준을 처음으로 마련해 검찰 내 구형 격차를 줄이는 데 기여했다. 박근혜 전 한나라당 대표의 피습 사건도 무난하게 처리했다.
대선을 앞둔 지난해 3월 대검 공안부장 역임 후 이례적으로 대검 중수부장으로 자리를 옮겼다.
정상명 검찰총장 시절 그는 대검 공안부장과 중수부장 등 검찰 내 핵심 요직인 ‘빅4’ 가운데 2곳을 거쳤다.
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