김대중 정부 시절인 2000년 1월부터 2002년 10월까지 2년 10개월 동안 교류협력국 총괄과장을 맡아 제1차 남북정상회담과 6·15 공동선언 이후 활발해진 남북 교류 협력 사업의 실무를 현장에서 총괄했다. 1996년 12월부터 약 3년 동안 통일정책실 정책기획과장으로서 중장기 통일 방안과 통일과정 및 통일 후 플랜을 기획 입안했다.
노무현 정부가 들어서자마자 3년 동안 외부 기관 파견 생활을 했다. 2003년 1월 국방대학교에 파견돼 1년을 보냈고 2004년 1월부터 2006년 1월까지는 동북아시대위원회에 파견됐다. 정책홍보본부 정책기획관으로 복귀한 뒤에는 6자회담 대표 등으로 한반도 평화체제 수립 업무 등을 맡았다.
노 정권 당시 ‘장기 외유’를 한 이유에 대해 대통령과 ‘코드’가 맞지 않았기 때문이라는 분석이 많았다.
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