부작용은 크게 모발 손상과 두피, 얼굴 손상으로 나타난다. 모발이 거칠어지거나 푸석거림, 모발이 꺾이거나 끊어짐, 두피 통증, 두피 염증·진물, 두피 혹은 얼굴 화상, 탈모 등이 발생한다. 그 밖에 피부 알레르기 반응이 나타날 수 있는데 이는 현재 시판되는 대부분의 염모제가 디아민계 화합물과 같은 화학성분을 포함하기 때문이다.
모발미용 서비스 관련 피해가 발생한 경우 ‘소비자분쟁해결기준’에 따라 보상받을 수 있는데, 소비자상담센터(국번 없이 1372)에 전화하거나 한국소비자원에 피해구제를 요청할 수 있다. 그러나 시술 전 모발 상태 및 손상 발생 시점에 대한 명확한 판단과 입증이 어렵고 모발은 한번 손상되면 별다른 치료법이 없을 뿐 아니라 회복하는 데 오랜 시간이 걸리므로 사전에 주의해야 한다.
미용 시술 전 미용사와 자신의 모발 상태와 체질에 대해 정확히 알리고 파마제나 염모제에 대한 피부 반응을 점검하는 것이 바람직하다. 미용사도 시술 전 소비자 상담이나 진단표 작성 등을 통해 모발·체질 상태를 진단하고, 패치테스트나 모발테스트 등 사전 테스트를 실시해 부작용을 예방하기 위해 노력해야 한다.